常用的肥料主要有化肥、有机肥等，另外像最近几年开始推广使用的菌肥，由于其强大的功效也逐渐受到了欢迎。
化肥是指用化学方法制造或者开采矿石，经过加工制成的肥料，也称无机肥料。化肥的养分种类较为单一，含量较高，并且是一种速效型的肥料。
但是化肥长期大量的使用的话，就会造成严重的土壤问题，使得土壤板结、盐渍化、酸化以及土壤结构受到破坏等；并且肥料还会固定在土壤中，造成利用率降低。
有机肥主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。有机肥中含有丰富的有机质，对于土壤的改善以及作物营养的吸收都有比较好的作用。但是有机肥一定要经过完全的发酵腐熟之后再使用，因为没有发酵完全的有机肥中含有大量的激素类物质、抗生素、重金属、虫卵、草籽等多种有毒有害物质，用到土中会使得土壤病虫害频发、有毒有害物质累积，影响作物的产量和品质。
微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。菌肥可以大量的增加土壤中有益菌的含量，并且能够有效减少有害菌的数量，还可以活化释放土壤中固定住的养分，改善土壤环境以及促进作物健壮生长，提高作物品质和产量。但是菌肥主要是通过有益菌来发挥作用的，所以在使用过程中一定要确保菌的活性，并且要配合有机肥使用，因为其中的有机质可以促进菌的生命活动。
有机肥和菌肥的肥效较慢、并且肥效较长，所以应该提前施用，一般在播种或者定植前施用。有机肥一般不用作追肥，而菌肥可以用作追肥。
化肥是一种速效的肥料，见效比较快，可以用作基肥和追肥。用作基肥一般要提前7天左右施用，而用作追肥一般应在作物营养吸收的高峰期时施用。